【2025年最新版】人事労務システム徹底比較｜価格・機能・おすすめサービスを解説

人事労務管理システムとは

人事労務システムとは、従業員の給与や福利厚生などに関わる 人事労務を自動化し、業務効率化を実現するツールです。

従業員の勤怠状況や給与計算などをシステム上で一元管理できるため、バックオフィスの業務負担が大幅に削減されます。

また、社会保険等に関わる書類を電子データで管理できるため、紙の書類を印刷・封入・郵送する手間も削減できます。

人事労務システムのタイプと“自社に合う”選び方

人事労務システムを導入する際には、 「クラウド型かオンプレミス型か」「シリーズ連携型か単体利用型か」という2つの選択軸 があります。これらの特徴を正しく理解し、自社の規模・体制・課題に合わせた選定を行うことが、失敗を防ぐ第一歩です。

クラウド型 vs オンプレミス型

クラウド型とオンプレミス型は、コストや運用方法、セキュリティ対応などで大きな違いがあります。 以下の表は、主要な比較ポイントです。

クラウド型・オンプレミス型がおすすめの企業

解説
中小企業の場合、コストや運用負担を考慮すると、クラウド型が圧倒的に有利です。法改正への迅速な対応や、リモートワークにも柔軟に対応できる点は特に大きなメリットとなります。

シリーズ連携型 vs 単体利用型

シリーズ連携型・単体利用型がおすすめの企業

解説
統一した運用を求めるならシリーズ連携型、柔軟性やコスト調整を重視するなら単体利用型がおすすめです。中小企業の場合、まずは単体導入でスモールスタートし、運用の定着後にシリーズ連携を検討するケースも多く見られます。

自社に合うタイプを診断 ― 5つのチェックポイント

自社に合うタイプを選ぶための簡易診断を以下にまとめました。Yes/Noで回答し、該当数が多いタイプを確認してください。

人事労務管理システムの導入目的

業務効率化

システムを導入することで、 人事労務に関わる業務を自動化・一元管理できるため、担当者の業務が大幅に効率化します。

また、情報入力をする際にミスがあった場合はエラー表示されるため、従業員が人事労務部門へ問い合わせをする手間もなくせます。

業務品質向上

書類の転記や確認などを担当者が手作業で行う場合、 ヒューマンエラーのリスクが生じてしまいます。

その点人事労務システムは、従業員自ら入力した情報を自動でチェックできるため、ミスを防止することが可能です。

また、法改正などがあった際も自動でアップデートされるため、人事が誤ったフォーマット変更を行う心配もありません。

人事労務管理システムの機能

入社・退社の手続き

人事労務管理システムは、社会保険の手続きをはじめ、従業員が入退社した際に発生する業務をサポートできます。

たとえば、保険加入の際に必要な 書類作成や行政への提出もデータで一元管理できるため、郵送や転記といった手間を最小限に抑えることが可能です。

手作業で行うと数日かかってしまう処理を手早く完了できるので、業務効率化につながるでしょう。

従業員情報の管理

人事労務管理システムは、マイナンバーや扶養などに関する 従業員情報も、システム上で一括管理できます。

内容変更や情報の管理参照が必要となった際も、簡単にデータを検索・修正できるため、紙ベースやエクセルよりも効率的に情報を管理できます。

年末調整

人事労務管理システムを導入すれば、年末調整に関する書類や手続きもシステム上で管理できます。

たとえば、源泉徴収票や扶養控除等申告書といった 書類も、ボタン一つで手軽に作成することが可能です。

また、中には電子申請やAPI連携に対応しているサービスもあるため、役所に足を運ばずスムーズに書類を提出できます。

休暇管理

人事労務管理システムは、従業員が保有する有給休暇の日数や、消化期限などを管理することも可能です。

有給消化が必要な従業員に対して、 アラートで休暇取得を促すことも可能なため、うっかり消化義務を見逃して違法になってしまうリスクも回避できます。

電子申請

API対応の人事労務管理システムでは、行政に提出する書類を電子申請することも対応可能です。

紙の書類を発行する手間が省かれ、 ペーパーレス化の実現やコスト削減に繋がるでしょう。

帳簿作成

人事労務管理システムでは、法定三帳簿（労働者名簿、賃金台帳、出勤簿）などの各種帳簿も作成できます。

ボタン一つでデータを出力できるため、手作業で帳簿を作成する手間が削減され、大幅な業務効率化が実現するでしょう。

就業規則や福利厚生の管理

人事労務管理システムでは、就業規則の決定や修正、福利厚生の追加なども行えます。

従業員の増減や 会社形態の変化などに合わせて、就業規則や福利厚生を柔軟に変更できる ため、従業員が働きやすい環境を作りやすくなります。

勤怠管理・給与計算

人事労務管理システムは、従業員の打刻状況や残業時間なども管理できます。

また、月給や時給、厚生年金、健康保険の計算など、給与管理を行うことも可能です。

従業員ごとに金額が異なる給与計算は処理も煩雑になりがちですが、 自動化することで業務負担軽減やミス防止につながります。

人事労務管理システムのメリット

従業員の情報を一元管理できる

人事労務管理システムは、 社会保険や費用などに関する従業員の個人情報をデータで一元管理できる点がメリットです。

紙ベースの場合、人事異動や入退社時に書類の整理が必要となるため、管理に手間がかかってしまいます。

その点システムを活用すれば、データの登録・変更・削減が手軽に行えるほか、検索機能を使ってスムーズに情報を参照できるため、大幅な業務効率化につながります。

​​書類作成を効率化できる

人事労務管理システムは、​書類作成業務の効率化にも貢献します。

紙ベースの場合、従業員から回収した情報を労務担当者が転記して書類を作成するため、転機ミスや書類の抜け落ち等が発生しがちです。

システムを活用すれば、 従業員が入力したデータをもとに自動で書類を作成できるため、書類作成そのものにかかる業務負担や、ミスの確認といった手間がなくなります。

行政への書類提出を効率化できる

人事労務管理システムを活用することで、行政への書類提出も効率的に行えます。

電子申請によって書類のペーパーレス化が実現するため、 従来数週間かかっていた処理を大幅に短縮することが可能です。

また、社会保険などの手続きもシステム上で完結できるため、書類を郵送したり、役所に直接出向いたりする手間がなくなります。

法令改正に対応できる

人事労務管理システムを活用すれば、法令改正にもスムーズに対応できます。

書類のフォーマット変更等があった際も自動で反映されるため、 不慣れな処理でミスが発生するリスクも軽減されるでしょう。

質問対応の工数を削減できる

人事労務管理システムを活用すれば、従業員の情報入力もスムーズになります。

入力項目が分かりやすくフォーマット化されているため、年末調整など 記入方法が難しい書類もアンケート形式で簡単に入力できます。

書類記入の負担が軽減され、人事部へ問い合わせが減ることで、質問対応の業務負担が軽減されるでしょう。

人事労務管理システムのデメリット

コストがかかる

人事労務管理システムは、導入費用やランニングコストが発生します。

業務効率化やコスト削減目的で導入したシステムが、かえって会社の財政を圧迫してしまっては本末転倒なので注意が必要です。

システムを導入する際は、 予算や費用対効果を考えた上で利用するサービスを検討しましょう 。

社内に浸透しない可能性もある

ITリテラシーの低い方や、パソコン操作が苦手な年配の社員は、うまくツールを使いこなせない可能性があります。

従業員が操作に慣れるまで教育に時間がかかったり、なかなか回収率が向上しないケースもあるため、注意が必要です。

スピーディーにシステムを社内浸透させたい場合は、 操作方法がわかりやすいシステムや、操作方法のレクチャーをサポートしてくれるサービスを選ぶ のがおすすめです。

ITに疎いとかえって非効率

従業員がITに疎いと、人事労務部門への問い合わせが殺到するため、担当者の業務がかえって非効率になってしまいます。

人事労務管理システムは、 自社の社員のITリテラシーを考慮したうえで導入を検討しましょう 。

人事労務管理システムを選ぶポイント

対応可能な業務・帳票の範囲

人事労務管理システムは、サービスによって対応する業務や帳票などが異なります。

自社が効率化したい範囲に対応していないサービスを選んでしまうと、思うような導入効果が得られない可能性もあるため注意が必要です。

あらかじめ必要な機能を洗い出し、自社の課題解決に繋がるシステムかどうか見極めましょう。

機能とコストのバランス

人事労務管理システムを導入する際は、費用対効果も重視したいポイントです。

システム導入によって得られる効果が費用に見合うか検証したうえで、サービスを選びましょう。

また、基本的に従業員が増えるほどコストも高くなるため、予算に収まるプランかどうか確認することも重要です。

電子申請に対応しているか

人事労務管理システムを選ぶ際は、電子申請に対応しているシステムかどうかもチェックしたいポイントです。

電子申請ができると、社会保険の手続きなどにおいて 書類を作成したり、役所に出向く手間などが省かれるため、大幅な業務効率化につながります。

人事労務担当者の業務負担をなるべく軽減したい場合は、電子申請に対応したサービスを選びましょう。

他システムとの連携

既に給与計算や勤怠管理システムを利用している場合は、既存システムとの連携が可能かどうかも重要なポイントです。

システム連携をすることで、利用できる機能が拡張されたり、情報の一元管理が可能になったりするため、業務改善の効果が高まります。

通常、 「API連携」が可能であれば、システム同士をスムーズに連携できるため、公式HP等で事前に確認しておきましょう。

従業員の使いやすさ

人事労務管理システムの導入効果は高めるには、従業員の使いやすさも重視する必要があります。

従業員自身で情報入力を行う際、使い方が分かりにくいと問い合わせが殺到し、かえって業務が非効率になってしまいます。

入力用URLをメール送信できるものや、スマホからでもアクセスできるサービスを選べば、従業員がシステムを活用しやすくなるため、導入効果も得やすくなるでしょう。

サポート体制

人事労務は、従業員の勤怠や給与に関わる重要な業務なので、万が一トラブルが発生した際も手厚くサポートしてもらえるサービスを選ぶ必要があります。

特に、給与計算を行う月末や決算期などに システム障害が起こると、業務に大きな支障をきたすため、万が一のとき迅速に対応できるかどうかは重要なポイントです。

サポート方法や受付時間はベンダーによって異なるため、自社に合ったサポート体制を検討したうえで、利用するサービスを選びましょう。

人事労務システムの料金相場

初期費用の内訳と相場

初期費用は、 システム導入時に必ず発生する「一度きりのコスト」 です。内容を正しく把握することで、見積もりを比較しやすくなります。

主な内訳

• 初期設定費
  アカウント作成、基本設定、権限設定などの初期セットアップ費用です。
• データ移行費
  Excelや既存システムからの従業員情報・過去データを移行するための費用です。データ整備が不十分だと追加コストが発生する場合があります。
• 教育・トレーニング費
  管理者向け操作説明会や、マニュアル作成支援などが含まれます。

ポイント
オンプレミス型はサーバー構築が必要になるため、クラウド型に比べて初期費用が高額になりがちです。

月額費用・ランニングコストの構造

ランニングコストは毎月発生する固定費で、利用人数や追加機能によって変動します。 「基本料＋従量課金＋オプション費」 という構造イメージを押さえておきましょう。

費用構造のイメージ

• 基本料
  システム利用のベース料金。
• 従量課金
  利用人数（従業員数）やアカウント数で変動。
• オプション費
  電子申請、年末調整、マイナンバー管理など追加機能ごとの料金。

ポイント
クラウド型は従業員数に応じた柔軟なプランが多く、小規模企業でも導入しやすいのが特徴です。

人事労務管理システムのおすすめサービス・アプリを比較

おすすめランキングの比較表

オフィスステーション労務

オフィスステーション労務は、企業のニーズに合わせて必要な機能だけをアラカルト導入できるサービスです。

100種類以上のの帳簿に対応しており、多様な従業員に対応可能な点も特徴です。

電子申請や外部システムとのAPI連携なども搭載されているため、人事労務の大幅な業務効率化び貢献します。

ジンジャー人事労務

ジンジャー人事労務は、企業の ニーズに合わせて複数のプロダクトを組み合わせる「シリーズ連携型」 の人事労務システムです。

勤怠管理や給与計算のシステムと連携によってデータを一元管理できるため、情報入力の回数削減などに繋がります。

電子申請にも対応しているので、申請業務も大幅に効率化されるでしょう。

マネーフォワード クラウド社会保険

マネーフォワード クラウド社会保険は、社会保険手続きに必要な書類作成や、提出書類の電子申請が可能なクラウド型人事労務システムです。

従業員別に対応状況や書類の申請状況を画面で確認できるため、書類管理や進捗確認もスムーズに行えます。

また、 一つの料金プランで同シリーズの給与計算ソフトなど複数製品を利用できる 点も魅力です。

ジョブカン労務HR

ジョブカン労務HRは、 労務担当者300人の声を活かして開発された、「シリーズ連携型」の人事労務システムです。

社会保険の手続きや帳票の作成・提出、電子申請などに対応しており、人事労務のペーパーレス化や業務改善をサポートします。

「人事労務バリューセット」では、同シリーズの勤怠管理、給与計算と合わせて3サービスをお得に利用できます。

​​freee人事労務

freee人事労務は、社会保険の手続きから入退社管理、マイナンバー、勤怠管理、給与計算・振り込みまで、人事労務のあらゆる業務を一元管理できます。

労務管理だけでなく、給与計算・勤怠管理など、 「バックオフィスをまとめて効率化したい」場合におすすめです。

有料版には4つの料金プランが用意されており、月額2,200円（税込）～で気軽に利用できる点も魅力です。

 

SmartHR

SmartHRは、 5万社以上の圧倒的な導入実績を誇る、シェアNo.1の人事労務システムです。

従業員自身が入力した情報で自動で人事データを作成でき、電子申請にも対応可能なため、人事労務の業務負担を大幅に削減します。

入社手続きや年末調整などの基本的な機能に加え、人事評価機能や従業員サーベイなども利用でき、幅広い業務をカバーできる点も魅力です。

クラウドハウス労務

クラウドハウス労務は、セミオーダー型のクラウド人事労務システムです。

必要な機能だけをを選択し、利用する機能に応じて料金を支払う形式なので、無駄なコストを抑えられます。

雇用契約書や配布文書の電子化にも対応しており、あらゆる書類をペーパーレス化できる点も特徴です。 

COMPANY

COMPANYは、 国内大手企業の約3社に1社で利用されている、大企業向けの人事労務システムです。

雇用契約の電子化やe-Gov APIを利用した社会保険の電子申請にも対応しているほか、大企業ならではの複雑な承認フローを自動化することも可能です。

料金プランは定額制で、スモールスタートから徐々に機能拡張をしても追加費用が発生しません。

無料版・トライアル版がある労務管理ソフト

今回紹介した人事労務システムのうち、無料プラン・無料トライアルがあるのは以下の6サービスです。
 

人事労務管理システムを導入する流れ

人事労務管理システムを導入する際の注意点

システムごとに機能差がある

人事労務システムは、サービスによって搭載機能に差があります。

自社が必要とする機能が備わっていなければ、思うように導入効果を得られない可能性もあるため、注意が必要です。

あらかじめ自社が業務改善したい範囲を明確化し、必要な機能を洗い出したうえでサービスを選びましょう。

セキュリティ面

人事労務管理システムを導入する際は、セキュリティ面にも配慮しましょう。

システム上には、従業員のマイナンバー・給与・役職といった個人情報を保管しているため、 万が一情報漏えいが起きると、損害賠償などのトラブルに発展する可能性があります。

セキュリティリスクを回避するためにも、JIS Q 15001認証の個人情報保護システムやデータを暗号化するシステムなど、セキュリティレベルの高いサービスを導入しましょう。

既存の管理体制をベースにシステムを活用する

人事労務管理システムを導入する際は、会社の管理体制や企業規模に合ったものを選びましょう。

自社に合っていないサービスを導入すると、 コストや社内研修等の手間ばかりかかってしまい、思うような効果が得られない可能性もあります。

事前に既存の運用体制を分析し、課題点をカバーできるシステムを導入することが重要です。

人事労務管理システムの失敗例

システムが会社の規模に見合っていない

会社の従業員数に対してシステムの規模が大きすぎると、必要以上にコストがかかってしまいます。

反対に、会社規模に見合わない小規模システムを導入すると、搭載機能が不十分で思うような効果が得られない可能性があります。

人事労務管理システムを選ぶ際は、 自社の規模や必要な機能を考慮しながら慎重に検討することが重要です。

従業員が使いづらさを感じてしまう

人事労務管理システムは、従業員全員が利用するものなので、なるべく使いやすいものを選びましょう。

たとえば、外回りや出張が多い企業は、外出先からでも打刻できるよう、スマホでアクセスできるシステムを選ぶ必要があります。

使い勝手が悪いと従業員のミスが頻発し、かえって管理者の負担が増えてしまうため、操作性は特に重視すべきポイントです。

会社の勤務形態に対応していない

システムが会社の就業規則や勤務形態に合っていないと、かえって業務効率が下がってしまいます。

たとえば、アルバイトやパート等の雇用形態、フレックス制度、夜勤シフト、直行・直帰といった勤務形態に対応していない場合、自社でシステムを調整する必要があります。

導入後の手間を減らすためにも、 デフォルトで自社のルールに適合するシステムを選ぶようにしましょう 。

ほかのシステムと連携ができない

すでに勤怠システムや人事管理システムなどを利用している場合、システム連携できないとデータが流用できないため、業務効率が下がってしまいます。

たとえば、給与管理システムと連携できない場合、一度人事労務システムのデータを出力してから、再度給与計算システムにインポートする手間が発生します。

人事労務管理システムが原因で業務効率が落ちてしまっては本末転倒なので、 既存システムとAPI連携できるかどうかは必ず確認しましょう。

人事労務システムに関するよくある質問（FAQ）

まとめ

人事労務システムは、手続きの効率化だけでなく、法改正への迅速な対応やデータ管理の精度向上にも大きく貢献します。

重要なのは、自社の規模や課題に合わせて最適なタイプやプランを見極めることです。本記事で紹介した料金相場・比較表・導入ポイントを参考に、無理のない導入と運用を実現しましょう。

費用対効果を最大化するためには、専門家への相談で具体的な見積や導入プランを検討するのがおすすめです。