【2025年最新】オンライン決済システムおすすめ比較14選！メリット・選び方・手数料も解説

オンライン決済システムとは？特徴・仕組み

オンライン決済システムとは「ネット上で支払いを処理する仕組み」

オンライン決済システムとは、 商品やサービスの代金支払いをインターネット上で完結でき、売上の管理まで一括で行える仕組み です。

近年は、クレジットカード決済、QRコード決済、バーコード決済など多様な支払い方法が存在し、それぞれを個別に登録・運用するには多くの手間とコストがかかります。

オンライン決済システムを導入すれば、複数の決済手段を一元管理できるため、運用の負担を軽減し、決済処理の効率化を図ることが可能です。

ECサイトでの取引や飲食店のモバイルオーダー、サロンの予約時の事前決済など、さまざまなシーンで活用されています。

オンライン決済システムと「オンライン決済代行」の違い

オンライン決済システムは、クレジットカードやQRコードなどの決済手段を一元管理し、支払いから売上管理までを効率化するツールです。

一方、 オンライン決済代行は、加盟店に代わって各種決済サービスとの接続や入金処理を代行する事業者 のことを指します。

つまり、システムは「ツール」、代行は「サービス提供者」という違いがあり、両者を組み合わせて導入することで、スムーズな決済運用が可能になります。

オンライン決済システムを導入すべき理由

昨今はクレジットカード決済が主流

SBペイメントサービスの調査（2022年度）によると、 ECサイトにおける決済手段では、クレジットカードの利用率が最も高く なっています。

ユーザーにとって利便性が高く、ポイント還元などの特典もあることから、選ばれやすい決済方法です。

オンライン決済システムを導入すれば、クレジットカード決済への対応が容易になり、購入ハードルを下げることが可能です。結果として、コンバージョン率の向上やカゴ落ち対策にもつながります。

市場規模の拡大が導入の後押しに

オンライン決済サービス市場は、 決済手段の多様化やサービス領域の拡大を背景に急速に成長 しています。

2025年の矢野経済研究所の調査によると、2023年度の市場規模は約32兆円、2024年度には約37兆円に達し、2028年度には約63兆円規模に拡大する見込みです。

特に後払い決済（BNPL）が急成長しており、若年層以外の層にも利用が広がっています。今後はBtoCからBtoB、対面決済まで対応領域がさらに拡大し、企業の競争力強化に欠かせない存在となるでしょう。

オンライン決済システムのタイプは4つ

オンライン決済システムは、用途やビジネス形態に応じて主に4タイプに分類されます。

実店舗とオンライン両方対応型、ECサイト向け型、Webサービスやアプリ向け型、そして会員ビジネス向け型 です。

各タイプは機能や決済手段が異なるため、事業の販売チャネルや顧客ニーズに合わせて選ぶことが成功の鍵となります。

オンライン決済システムの費用・決済方法別手数料相場

オンライン決済システムにかかる費用とは？

オンライン決済システムのコストには、 初期費用・月額費用・決済手数料・決済サービス利用料の4つ の要素が含まれます。

初期費用・月額費用は無料なサービスも多いですが、決済金額に応じた手数料は必ず発生するため、導入前に費用構造をしっかり把握しておくことが重要です。

オンライン決済システムの決済方法と手数料相場​​​​​​

オンライン決済の手数料は、選択する決済手段によって大きく異なります。 業種や取引形態に応じて、最適な決済方法を選ぶことが重要 です。

例えば、デジタルコンテンツに強いID決済は利便性に優れる一方で手数料が高め。キャリア決済は携帯料金合算で顧客負担軽減と集客効果が期待できます。

銀行決済は低コストですが顧客負担の手数料設定に配慮が必要。後払い決済は未払いリスクを伴うため、信用調査機能のあるサービス導入がリスク管理の鍵となります。

オンライン決済システム導入のメリット・デメリット

オンライン決済システム導入のメリット

オンライン決済システムの 最大のメリットは、顧客の購入体験を大幅に向上させる点 です。

24時間365日、場所を問わずいつでも支払いが可能なため、顧客の利便性が飛躍的に高まります。

これにより購入のハードルが下がり、売上アップやリピーター獲得につながります。

特にEC販売の普及が進む近年では、オンラインでの販路拡大が加速！

オンライン決済システム導入のデメリット

オンライン決済システムの 最大のデメリットは、決済手数料が発生し、売上の一部が減少する点 です。

特に小規模事業者や利益率が薄い業種では、手数料の負担が経営に影響を及ぼすことがあります。

ただし、利便性向上や売上拡大で手数料を上回るメリットを得られるケースも多いため、費用対効果をしっかり見極めた上で導入を検討することが重要です。

オンライン決済システムの本質的な選び方

オンライン決済システムを選ぶとき、つい「手数料の安さ」や「導入のしやすさ」だけに目がいきがちですが、実はもっと大切なのは“自社に合っていて、ちゃんと成果につながるかどうか”です。

ここでは、後悔しないための選び方のポイントを3つに分けてご紹介します。

お客様が使いやすい決済手段に対応しているか

どんなに良いオンライン決済システムでも、お客様が使わなければ意味がありません。

まずは、 自社のお客様がどんな決済手段を使っているか、または好んで使いたいと思っているかを見極めることが大切 です。

​​​​​​「お客様にとってストレスなく支払える方法」を選ぶことが、売上アップへの第一歩です。

実際の運用でムダや負担が出ないか

オンライン決済システムを 導入して終わりではなく、「毎日ちゃんと使えるかどうか」も大切 です。

例えば、以下のようなポイントは、現場での使い勝手に大きく影響します。

こうした“見えにくい負担”があると、スタッフが疲れてしまったり、トラブルにつながったりすることもあるため、実際に使う人の意見を取り入れて選ぶと安心です。

手数料だけでなく「結果として利益になるか」を見る

「手数料が安いかどうか」だけで判断するのではなく、 その決済手段を導入することで売上や利益が伸びるかという視点も重要 です。

とはいえ、「導入前に成果がわかるの？」と不安に思う方もいるかもしれません。たしかに完全な予測は難しいですが、事前に次のようなポイントを確認すれば、ある程度の見通しは立てられます。

また、導入後は下記のような変化をモニタリングして、「投資効果」を判断していくことも重要です。

手数料の“安さ”だけで選ぶのではなく、「成果を生む仕組みか？」という視点での選定が、長い目で見て大きな差になります。

【比較表】オンライン決済システム14選の費用・手数料

【個人事業主】おすすめオンライン決済システム

Square(スクエア)

Square（スクエア）は、 シンプルなセットアップと直感的な操作が特長のオンライン決済システム です。

モバイル端末とカードリーダーを使った決済に強みがあり、小規模事業者や個人事業主に適しています。

さらに、POSシステム、在庫管理、顧客管理などの機能も統合されており、ビジネス全体を効率的に運営できます。

GMOペイメントゲートウェイ

GMOペイメントゲートウェイは、 幅広い決済手段と高いセキュリティを備えたオンライン決済システム です。

日本国内の事業者向けに特化しており、金融機関や大手企業との提携による高い信頼性と充実したサポート体制が強みです。

また、営業担当による訪問や課題解決の提案など、手厚いサポートも受けられます。

ペイジェント

ペイジェントは、 国内EC事業者向けに特化したオンライン決済システム です。

NTTデータ（国内最大手SIer）と三菱UFJニコス（大手クレジットカード会社）がそれぞれ50％出資しており、安定した経営基盤が強みです。

メール送付型の決済リンクからシステム連携まで、用途に応じた柔軟な導入が可能で、さまざまなビジネスモデルに対応できます。

ペイパル

ペイパルは、 迅速で安全なオンライン決済システム です。

世界中で利用され、24通貨に対応。高いセキュリティと買い手保護制度が特長です。

顧客はメールアドレスだけで支払いができ、クレジットカード情報の入力不要で利便性と安全性を兼ね備えています。

【中小・大企業】おすすめオンライン決済システム

VeriTrans4G(ベリトランス4G)

VeriTrans4G（ベリトランス4G）は、 幅広い決済手段に対応したオンライン決済システム です。

本人認証・券面認証・不正検知システムなど、セキュリティ面に強みがあり、高い安全性を確保しています。

国内トップクラスの取引実績を持ち、大規模事業者から個人事業主まで幅広く対応。APIやSDKなどの開発ツールも充実しており、柔軟なシステム連携が可能です。

【実店舗＋EC】おすすめオンライン決済システム

SBペイメントサービス

SBペイメントサービスは、 幅広い決済手段に対応した総合オンライン決済システム です。

日本国内での強力なサポート体制と高い信頼性が特長で、他サービスと比べても優れています。

また、ソフトバンクグループの一員として、安定した運営と徹底したセキュリティ対策も評価されています。

楽天ペイ

楽天ペイは、 楽天ペイメント株式会社が提供するオンライン決済システム です。

利用すると楽天ポイントがたまり、たまったポイントは次回の決済のほか、楽天市場やフリマアプリ「ラクマ」などでも使えます。

楽天ポイントがたまる・使える店舗としてアピールできるのも大きなメリットです。

PayPayオンライン決済

PayPayオンライン決済は、 累計登録者数6,900万人以上のオンライン決済システム です。

QRコード決済を特長とし、手軽でスピーディーな支払いが可能です。特に国内での普及率とユーザー数が圧倒的に多く、導入企業の顧客利便性向上に役立ちます。

また、キャンペーンやポイント還元も頻繁に実施され、消費者の利用促進につながっています。

AirPAY(エアペイ)

AirPAY（エアペイ）は、モバイル端末で手軽に使える決済システムとして知られていますが、 2025年3月より「オンライン決済」機能を新たに追加 しました。

これにより、サブスクや月謝などの定期決済に加え、メールやSNSを通じた都度決済も可能となり、非対面での決済受付がより簡単に行えます。

また、売上管理や在庫管理などのビジネスサポート機能も充実しており、小規模店舗や個人事業主に最適なサービスです。

参考：『Airペイ』、「オンライン決済」機能を追加│株式会社リクルート公式サイト

【Web・アプリ】おすすめオンライン決済システム

サブスクペイ

サブスクペイは、 サブスクリプションモデルに特化したオンライン決済システム です。

他サービスに比べ、柔軟なプラン設計と高いカスタマイズ性で複雑な料金体系にも対応可能なのが強みです。​​​​​​

また、詳細な分析機能とレポートにより、収益管理や顧客行動の把握が簡単に行えます。

Stripe(ストライプ)

Stripe（ストライプ）は、 開発者向けに設計された柔軟なオンライン決済システム です。

豊富なAPIでウェブサイトやアプリへの統合が簡単にでき、高度なカスタマイズも可能です。特にグローバル対応が強みで、135以上の通貨と多様な支払い方法に対応しています。

さらに、サブスクリプション管理やインボイス機能も充実し、定期課金ビジネスに最適です。

無料で始められるオンライン決済システム

イプシロン

イプシロンは、 多彩な決済手段を一元管理できるオンライン決済システム です。

クレジットカード、コンビニ払い、銀行振込、キャリア決済など幅広く対応し、ECサイト運営者に便利です。

また、決済データの分析やレポート機能が充実しており、ビジネス改善に役立ちます。

STORES 請求書決済

STORES 請求書決済は、 シンプルで使いやすいオンライン決済システム です。

誰でも簡単に3ステップで決済用URLを作成でき、利用者はそのリンクから支払いが可能です。

請求書の管理や入金状況の確認をオンラインで一元管理することで、業務効率も向上します。

Paid(ペイド)

Paid（ペイド）は、 法人向けオンライン決済システム です。

初回登録時に「取引先」ごとに審査を行うため、注文ごとの審査待ちがなく、スムーズに取引が進みます。

また、取引先の限度額は最大1,000万円で、大口取引にも対応し、売上拡大に貢献します。

オンライン決済システムの導入成功事例

GMO後払い導入事例：電話注文の約4割が後払いを選択

株式会社アデランスは、40～50代を主なターゲット層とする顧客が、個人情報やクレジットカード情報の入力に抵抗を感じていることから、自社ECサイトに「GMO後払い」を導入しました。

後払い決済システムの導入により、 多くの顧客が代金引換から後払いへ切り替え、電話注文においても約4割の顧客が後払い決済を選択するように なりました。

新たな決済方法の導入によって、顧客の利便性が向上し、利用割合も順調に増加しています。

参考：株式会社アデランス 様 | 導入事例 | コンビニ後払いの【GMO後払い】導入検討企業様向けサイト

Tポイント導入事例：ポイント活用で新規顧客の獲得を促進

株式会社サイバーエージェントは、「アメーバ」内で使える仮想通貨の購入方法にTポイントを導入しました。

日本最大の共通ポイントサービスであるTポイントを活用し、 仮想通貨の購入でTポイントが貯まるほか、Tポイントを仮想通貨に交換できるように なりました。

これまでにもキャリア決済やクレジットカード決済など多様な決済方法を採用してきた同社は、今回のTポイント導入によりさらに顧客利便性が向上し、新規顧客獲得が期待されています。

参考：【導入事例】株式会社サイバーエージェント様｜決済代行のSBペイメントサービス

オンライン決済システムを導入するまでの流れ

まとめ

オンライン決済システムは、ネット上での支払いを効率化し、複数の決済手段を一元管理できる仕組みです。

導入により業務負担を軽減するとともに、顧客の利便性を向上させることで売上アップが期待できます。

ただし、初期費用や手数料、対応決済方法、セキュリティなどはシステムごとに異なるため、自社のビジネスモデルに合った選択が重要です。

今後も市場拡大が見込まれる中、競争力を強化するには早期導入と自社に適したシステム選定が成功のカギとなります